Процедура теста на вич

Процедура теста на вич

ПЦР (полимеразная цепная реакция) представляет собой метод молекулярной генетики, который позволяет анализировать любую короткую последовательность ДНК (или РНК) даже в образцах, содержащих только мельчайшие количества ДНК или РНК, тем самым определив наличие/отсутствие патогенного возбудителя (определить, например есть ли в человеке вирус ВИЧ или гепатита Б или микобактерии туберкулёза). ПЦР используется для воспроизведения/умножения/клонирования (амплификации) выбранных участков ДНК или РНК для анализа.

Метод ПЦР настолько прост, что его может поставить даже школьник)

Раньше амплификация ДНК включала клонирование сегментов, представляющих интерес, в векторы для экспрессии в бактериях и занимала недели. Но теперь, когда ПЦР делается в пробирках, требуется всего несколько часов. ПЦР является высокоэффективной, так что из ДНК может быть сделано огромное количество копий.

Последовательность ДНК и соответствие нуклеотидов.

Более того, ПЦР использует те же молекулы, которые природа использует для копирования ДНК:

  • Два «праймера», коротких одноцепочечных последовательностей ДНК, которые синтезируются так, чтобы соответствовать началу и концу растяжения ДНК, подлежащей копированию.
  • Фермент, называемый полимеразой, который перемещается вдоль сегмента ДНК, считывает его код и собирает копию.
  • Куча блоков ДНК, которые необходимо сделать этой полимеразе.

То есть ПЦР — это такая техника при которой частицы ДНК (иногда РНК) умножаются в определенном растворе или на специальной поверхности, где они могут быть депонированы.

ПЦР — это метод, с помощью которого учёные могут находить иглу в стоге сена и затем строить стог из этих игл.

Ключом к пониманию ПЦР является знание о том, что каждый человек, животное, растение, паразит, бактерия или вирус содержит генетический материал — ДНК (или РНК) последовательности (нуклеотидные последовательности или кусочки ДНК (или РНК)), которые уникальны для каждого индивидуума. То есть, если образец содержит сегменты ДНК или РНК,

задача ПЦР как метода — умножить (амплифицировать), сделать как можно больше их копий, чтобы можно было идентифицировать кому они могут принадлежать (определенному человеку, животному или патогенному организму), даже если есть только следы наличия ДНК/РНК.

Оборудование для ПЦР.

Однако ПЦР-амплификация является лишь частью диагностического теста. После проведения амплификации амплифицированные сегменты необходимо сравнить с другими нуклеотидными сегментами, но уже из известного источника (например, конкретного человека, животного или патогенного организма). Это сравнение уникальных сегментов часто выполняется путем размещения нуклеотидных последовательностей, сгенерированных ПЦР, рядом с известными нуклеотидными последовательностями от людей, патогенов или других источников в специальном геле.

Когда электрический ток проходит через гель, то различные нуклеотидные последовательности образуют полосы, которые напоминают «лестницу» в соответствии с их электрическим зарядом и молекулярным размером. Это называется гель-электрофорез.  Они мигрируют на одни и те же уровни в геле, показывая идентичность нуклеотидных последовательностей. Этот метод является одним из самых популярных последних этапов ПЦР-тестов.

Как ПЦР работает?

В 1983 году Кари Муллис разработал основные этапы по амплификации ДНК-последовательностей. Он и Майкл Смит были удостоены Нобелевской премии за создание ПЦР в 1993 году.

ПЦР проводится в одной пробирке с соответствующими химическими веществами и при определенной температуре нагревания.

Необходимы следующие реагенты или химикаты:

  • Образец, содержащий нуклеотидную последовательность (из крови, волос, гноя, кожи и т. д.).
  • ДНК-праймеры: короткая одноцепочечная ДНК, которая присоединена к нуклеотидным последовательностям, которая способствует синтезу комплементарной цепи нуклеотидов.
  • ДНК-полимераза: фермент, который, когда ДНК связывается с праймером, спускается по фрагменту ДНК с добавлением структурных блоков ДНК для образования комплементарных пар оснований и, таким образом, синтезирует комплементарную нуклеотидную цепь ДНК (введение термостойкой ДНК-полимеразы, Taq-полимеразы , полученной из термостойких бактерий, заметно улучшает способность к ПЦР).
  • Большой избыток структурных блоков ДНК, называемых нуклеотидами (аденин, тимидин, цитозин и гуанин, сокращенные как: A, T, C и G соответственно) в растворе. Когда эти блоки соединены вместе, они образуют нуклеотидную последовательность или одну нить ДНК. Когда эти строительные блоки связывают свой комплементарный строительный блок слабыми водородными связями (например, A будет связываться только с T и G только с C) образуется комплементарная нуклеотидная последовательность ДНК, которая связана с исходной одноцепочечной ДНК. Когда связывание завершается, комплементарная ДНК с двойной цепью образуется в определенной последовательности.

Кари Муллис очень интересный, прикольный дядечка, посмотрите как он интересно рассказывает, как он придумал ПЦР:

Он верит в астрологию, но не верит, что ВИЧ вызывает СПИД.) 

Затем полимеразно-цепная реакция начинается с сегмента ДНК из образца, который помещается в пробирку с указанными выше реагентами. Раствор нагревают до 94°С. Нагревание разрушает водородные связи, которые позволяют образовывать комплементарные цепи ДНК, поэтому в смеси существуют только одиночные нити (это называется денатурацией двухцепочечной ДНК).

Этапы ПЦР

Смеси дают остыть до 54°C. При этой температуре ДНК-праймеры и ДНК-полимераза связываются с отдельной одноцепочечной ДНК (это называется отжигом ДНК). Поскольку строительных блоки в избытке (высокая концентрация) в смеси, полимераза использует их для создания новых комплементарных нитей ДНК (называемых расширением ДНК), и этот процесс происходит быстрее при 72°C. Этот процесс создает новую двухцепочечную молекулу ДНК из каждой из одиночных нитей исходной молекулы.

Этот цикл повторяется примерно 40 раз в машине, называемой термическим циклером (термосайклером), который автоматически повторяет циклы нагрева-охлаждения, при этом количество каждой последовательности ДНК удваивается каждый раз, когда цикл нагрева-охлаждения завершается. То, что изначально было одним коротким сегментом ДНК, можно было увеличить до примерно 100 миллиардов копий после 40 циклов удвоения.

Когда необходим тест на ПЦР?

Тест на ПЦР является основой для ряда тестов, которые могут отвечать на многие различные медицинские вопросы, которые помогают врачам диагностировать и лечить пациентов. Например, тесты ПЦР могут обнаруживать и идентифицировать патогенные организмы у пациентов, особенно тех, которые трудно культивировать (например, ВИЧ и другие вирусы и некоторые грибы).

Одни врачи назначают ПЦР-тесты, чтобы помочь диагностировать генетические заболевания, в то время как другие врачи используют ПЦР для обнаружения биологических родственных отношений, таких как идентификация родителей детей. ПЦР-тесты также используются для идентификации и характеристики генетических мутаций и перегруппировок, обнаруженных при определенных раковых заболеваниях.

Тем не менее, ПЦР-тесты были модифицированы и внедрены во многие аспекты научных исследований, включая эволюционную биологию, генетическую отпечатку пальцев, судебно-медицинские исследования и многие другие.

Что такое ОТ-ПЦР?

Обратно-транскриптазный ПЦР (RT-PCR) — это тест на ПЦР, который предназначен для обнаружения и измерения количества РНК. Хотя первоначальные тесты ПЦР амплифицировали ДНК, многие вирусы и другие биологические компоненты (например, митохондрии) используют РНК в качестве своего генетического материала. RT-PCR отличается от обычной ПЦР сначала взятием РНК и превращением нити РНК в нить ДНК. Это делается по существу тем же самым методом для ПЦР, описанным выше, за исключением использования фермента, называемого обратной транскриптазой, вместо ДНК-полимеразы.

Обратная транскриптаза позволяет перевести одну нить РНК в комплементарную цепь ДНК. Как только эта реакция происходит, рутинный метод ПЦР можно затем использовать для амплификации ДНК. RT-PCR используется для обнаружения и изучения многих РНК-вирусов. RT-PCR не следует путать с другим вариантом ПЦР, называемым ПЦР в реальном времени (реал-тайм).

ПЦР в реальном времени представляет собой вариацию ПЦР, которая позволяет анализировать амплифицированную ДНК в течение обычных 40 циклов процедуры. Хотя процедура аналогична обычной ПЦР с циклированием, ПЦР реального времени использует флуоресцентные красители, прикрепленные к некоторым из строительных блоков или небольших нуклеотидных нитей. В зависимости от используемого метода флуоресценция возникает, когда образуются амплифицированные нити ДНК. Количество флуоресценции можно измерить на протяжении 40 циклов и позволяет исследователям измерять определенные продукты и их количества во время циклов амплификации.

Это часто позволяет исследователям или техническим специалистам пропускать гель-электрофорез или другие вторичные процедуры, необходимые для анализа продуктов ПЦР, тем самым обеспечивая более быстрые результаты. ПЦР в реальном времени и RT-PCR являются вариациями или модификациями исходного теста ПЦР. Тем не менее, существует еще много вариантов (не менее 25), которые существуют и используются для решения конкретных проблем. Все они имеют разные названия, такие как сборка ПЦР, ПЦР с горячим началом, мультиплексная ПЦР, твердотельная ПЦР и многие другие.

ПЦР будет развиваться и дальше, чтобы помочь ответить на многие другие вопросы в медицине, биологии и других областях науки.

Что такое ПЦР анализ на ВИЧ?

ПЦР (полимеразная цепная реакция) — метод умножения  генетического материала вируса, анализ, который определяет генетический материал вируса — РНК или ДНК ВИЧ.

Если вирус содержится в минимальном значении, то в результате реакции это количество многократно увеличивается. Поэтому ПЦР имеет высокое диагностическое значение.

Обычно этот тест используется для определения ВИЧ в донорской крови или для раннего определения наличия ВИЧ в организме до выработки специфических антител к ВИЧ. Специфические антитела определяют обычные тесты на ВИЧ (ИФА), но только через 1-3, редко 12 месяцев после заражения. А с помощью ПЦР можно дать достаточно точный ответ через 14 дней с достоверностью 98% и даже через 5 дней, но тогда достоверность будет 80%.  ПЦР на ВИЧ — это дорогой и более трудоемкий анализ, чем ИФА, поэтому его используют не всем подряд, а только по особым показаниям (доноры, пострадавшие от медицинской аварии с ВИЧ-инфицированным) или платно.

Жизненный цикл ВИЧ (схема)

Качественный ПЦР анализ на ВИЧ

Качественный ПЦР анализ на ВИЧ — определяет есть вирус ВИЧ-1/ВИЧ-2 или его нет, но он не определяет количество копий вируса (для определения количества используется количественный ПЦР). Качественный ПЦР НЕ делают тем у кого известен диагноз «ВИЧ-инфекция». Его делают только тем, у кого пока неизвестно  — инфицирован он ВИЧ или нет.

Это метод определения комплиментарного участка ДНК в геноме клетки лимфоцита пораженного ВИЧ. Т.е. определяется не сам вирус, а материал, который вирус встраивает в клетку. В ядре клетки уже будет храниться его ДНК из которой он потом будет считываться и  размножаться (копировать самого себя).

Количественный ПЦР анализ на ВИЧ

Количественный ПЦР анализ на РНК ВИЧ  — определяет количество копий РНК вируса в крови (для определения вируса в клетках используют ПЦР ДНК, например у детей). Делается только у ВИЧ-инфицированных, для контроля лечения, определения выраженности процесса развития болезни, эффективности лечения.

Через сколько времени после заражения можно обнаружить ВИЧ с помощью метода ПЦР?

Через сколько дней можно сдавать ПЦР на ВИЧ после контакта с ВИЧ положительным партнёром?

ВИЧ с помощью ПЦР можно обнаружить через 4-14 дней после заражения. Отрицательный результат ПЦР на ВИЧ достоверен после 14 дней после рискованного контакта, но по действующим нормативам всё равно требуется обследование с помощью ИФА. 

Чем отличается ПЦР ДНК от ПЦР РНК ВИЧ?

РНК обычно используется в количественных тестах для оценки вирусной нагрузки у диагностированных лиц, например, для оценки эффективности терапии.

ДНК — в мононуклеарных клетках, например, для диагностики у детей, там, где антитела к ВИЧ матерей мешает использовать метод ИФА.

И тот и другой тест могут быть и количественными, и качественными.

И тот, и другой можно в особых случаях применить диагностики, но с учетом конкретных ограничений, которые накладывают технические параметры системы, т.е. по назначению врача.

Может ли ПЦР на ВИЧ быть ложноположительным, причины?

Если всё сделано правильно: медсестра не перепутала пробирки, посмотрела паспорт, прежде, чем делать забор крови, правильно промаркировала пробирку, правильно выписала направление и т.д., а специалист лаборатории (обычно это врач-лаборант)  сделал всё согласно инструкции, им были соблюдены все требования лабораторного регламента (например, правильно «расскапал» биоматериал, без перекрестной контаминации (загрязнения) и т.д.) и была использована качественная тест-система, ТО ПЦР ложноположительным быть МОЖЕТ только в 2% случаях (это связано с чувствительностью используемых тест-систем).

Но если были допущены ошибки со стороны персонала медицинского учреждения, ТО ПЦР может быть ложноположительным, более чем в 2% случаев. 

Как сдается ПЦР на ВИЧ?

Для исследования на ВИЧ методом ПЦР сдаётся кровь из вены, желательно (но необязательно) утром натощак.

Где можно сдать анализы на ПЦР ВИЧ?

Для этого нужно ввести в поиск Вашего браузера «сдать пцр вич» и добавить в запрос Ваш населенный пункт и Вы увидите организации, которые занимаются у Вас исследованиями на ПЦР.

Например,

Сколько стоит анализ на ВИЧ методом ПЦР?

Около 1,5-3 тыс. руб. в зависимости от региона.

Какова достоверность результатов ПЦР анализа на ВИЧ?

Через 14 дней после заражения достоверность ПЦР на ВИЧ составляет 100%, с 4-5 дня — достоверность 80%.

Сколько времени делается анализ ПЦР на ВИЧ?

Технически 4-6 часов, но в реальности зависит от организации работы лаборатории и обычно результат выдается через 2-3 дня.

ПЦР на ВИЧ у новорожденного ребенка

Так как у ребёнка до 1,5 лет рожденного от ВИЧ+ матери сохраняются её антитела против ВИЧ, то определить заражен ВИЧ ребенок или нет с помощью ИФА невозможно. В такой ситуации используется ПЦР:

  • Если у ребенка возрастом 1 мес с помощью ПЦР обнаружили вирус, значит он заразился.
  • Если у ребенка в 1-2 месяца и 4-6 месяцев ПЦР отрицательная, то при условии, что мать не кормила его своим грудным молоком — ребёнок здоров.

В чём разница между ПЦР и ИФА?

ПЦР определяет сам вирус, а ИФА реакцию (в виде антител) организма на вирус.

ПЦР быстрее определяет наличие вируса, чем ИФА.

Новый алгоритм определения ВИЧ.

Читать далее о других анализах на ВИЧ —>>

Да не оскудеет рука дающего

Проект «СПИД.ВИЧ.ЗППП.» — некоммерческий, созданный добровольцами-экспертами в области ВИЧ/СПИДа за счет своих собственных средств, чтобы донести правду людям и быть чистыми перед своей профессиональной совестью. Будем благодарны за любую помощь проекту. Да воздастся Вам в тысячи крат: ПОЖЕРТВОВАТЬ. [Всего голосов: 1    Средний: 5/5]

Source: spid-vich-zppp.ru


Добавить комментарий